成为女王的梦想、将来的梦想，都不想放弃！将一生赌在这一瞬间上——高中2年级的夏天，千早所在的歌留多部与新入部员一同在全国大赛中出场。在团体战中击败了常胜校·富士崎高中，瑞泽高中获得期待已久的初次优胜，而个人战中太一和新也获得了B级和A级的优胜。千早在团体战中受伤的右指的手术也顺利结束，和太一一起参加了富士崎高中的夏季合宿。对顾问樱泽老师的斯巴达指导毫不在意，以名人·女王战为目标努力练习，但就在此时，他们得知了让出场变得危险的某个事实……另一方面，新了解到拥有团队可以扩展歌留多的可能性，于是他开始准备创立歌留多部.新的对手登场，今后的出路，成为女王的梦想……纯正的高中生一心一意的心念和热情满溢而出的第3期开幕！

日本的上班族冈岛绿郎在一次去东南亚的出差中,被和海盗差不多的运输商BLACK LAGOON的成员绑架。公司为了保守机密派遣雇佣兵要抹煞掉成为了人质的冈岛,但是冈岛凭借其智慧从这绝境中脱险了。被公司抛弃的冈岛舍弃了了姓名和立场,改名Rock成为了BLACK LAGOON的成员。原军人的老板Dutch,机械工Benny,有双枪别名的枪手Revy,和Rock一起,乘坐改造鱼雷艇BLACK LAGOON号在南方的大海上驰骋着而女主角则是美女双枪侠·蕾葳,任何危险的工作她都可以胜任！

在一次护送公司机密文件的途中，旭日重工的普通职员冈岛绿郎（浪川大辅配音）遭到了名叫黑礁商会的神秘组织的袭击和绑架，机密文件亦被夺走。为了保证秘密不被泄露，旭日重工采取了消抹行动——包括文件和冈岛绿郎本人。在得知了自己被公司抛弃的消息之后，冈岛决定用自己的方式为自己谋得一条生路。冈岛向黑礁商会提出了入会的要求，并通过实际行动证明了自己的能力，之后以“洛克”之名开始全新的生活。精明冷静的首领达奇（礒部勉配音），个性刚强的双抢手薇拉（丰口惠美配音），开朗淡泊的机械师本尼（平田广明配音），在这些神秘人物的围绕下，洛克逐渐找到了同伴的感觉，同时，一条充满了危机与冒险的道路也在他的面前展开了。