住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。

故事发生在一个虚构的世界之中，在这里，突然之间出现了古代王朝遗迹群，人们称之为“迷宫”。在迷宫里，隐藏着数之不尽的宝物，而其中最为人津津乐道的，就是被称为“魔神金属器”的魔器。然而，想要得到这些宝物却并不是一件容易的事情，与之相伴的，是无处不在的危险和敌人。阿里巴巴（梶裕贵配音）是一位乐于助人的善良青年，一次偶然中，他结识了名为阿拉丁（石原夏织配音）的少年。一场意外让阿里巴巴背负上了巨额的债务，于是，他决定同阿拉丁，以及被其解放的怪力女奴隶（户松遥配音）一起攻克传说中最复杂却也是隐藏了最多宝物的第七迷宫。