午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事……《深夜食堂》在2006年开始连载，由于作品气氛浓郁、风格特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。

喧嚣繁忙的国际大都会东京，红男绿女匆匆行走，为了理想、爱情、生计全速奔忙，不曾停下脚步。直到午夜十二点，他们才拖着疲惫的身体和步伐，来到了那间营业时间从深夜到次日一早的深夜食堂，品味永远和善寡言的老板（小林薰饰）亲手烹制出来的美食。这些人中有过气的歌手、丧失创意的新人漫画家、对人性绝望的侦探、性格尖利的大阪女孩、久别重逢的同窗。他们恣意欢笑，剧本畅饮，绝望恚怒，悲伤哭泣，借着美食的香气和酒精的作用，深埋心底的百味情怀得以吐舒……本片根据安倍夜郎的同名漫画改编，是该系列剧集的第三部，山下敦弘和熊切和嘉等知名导演参与制作。

在一间朴实无华的日本餐厅中，几名食客因为对于特定菜品的钟情而建立了一种简单而深刻的心灵之交。午夜钟声响起，主顾们带着辘辘饥肠和一段等待倾诉的故事走进食堂，品尝着老板端上的特制菜肴和心灵慰藉。