故事发生在十九世纪末的伦敦，彼时对于尸体的研究已经到达了极致，死亡并非一切的终结，那些灵魂消散肉身却永存的人们被称为“尸者”，被视作廉价而又高效的劳动力。华生（细谷佳正配音）是一名资历优异的医学生，他的好友Friday（村濑步配音）死于非命，追寻着好友生前的意愿，华生违反政府规定私自将其制成尸者。华生的这一举动令他被卷入了名为“沃尔辛厄姆”的谍报机构中，和Friday一起，他们踏上前往阿富汗的旅途寻找《维克多手记》，手记的主人是弗兰肯斯坦博士，手记中记载了制造拥有意识的尸者TheOne的方法，而目前最有可能拥有手记者，是一位名叫卡拉马佐夫（三木真一郎配音）的牧师。

故事以主角的第一人称进行，“我”（浅沼晋太郎配音）是京都大学的一名三年级生，原本期待着有一个玫瑰色多姿多彩的大学生活，希望自己能交上飘逸黑长发的漂亮女朋友。然而事与愿违，主人公经历了一场失败的恋爱，身边的朋友也少得可怜。主人公唯一的朋友小津（吉野裕行配音），长相像一只妖怪，以捉弄情侣为乐。主人公常常唾弃小津，却离不开他。随后主人公认识了师妹明石（坂本真绫配音），她是个性格冷淡的黑发少女。正是因为自己当初选择了网球部，才导致大学两年如此失败，于是“我”假想如果自己入学时选择了另外一个社团，会不会经历另外一种截然不同的大学生活呢？本作从平行时空的角度，围绕着主人公重新从大一新生选择社团开始，选择了各种各样不同社团，发展出不一样的青春故事。

故事发生在2029年，被病毒袭击的日本陷入了混乱之后被名为“GHQ”的暴力组织全面接手，政府逐渐成为了傀儡。在这样动荡的大环境下，樱满集（梶裕贵配音）只是一名平凡的高中生，过着属于他的平凡生活，直到那个叫做楪祈（茅野爱衣配音）的少女出现在他的眼前。祈的真实身份为“葬仪社”的成员，这个社团以从GHQ的手上夺回日本自治权为目标不断进行着危险而残酷的战争。在组织首领恙神涯（中村悠一配音）的引导之下，集成为了组织的一员，结识了同僚筱宫绫濑（花泽香菜配音）和鸫（竹达彩奈配音）等人。随着战斗的升级，各种迹象显示出集似乎拥有着神秘的力量，而躲在诸多敌人背后的究竟是怎样强大的存在，众人无从而知……