周游神户港的游览船突然发生爆炸，犯罪者以船上的乘客作为人质，向该船的所属公司“黑泽兴产”勒索两亿日元。偶然在场的警视厅月岛署刑警系村（上川隆也），以不经意间发现的一张纸片为线索介入了这起事件。

分析鉴定员们收集来的“遗留品”“遗留物”等，确定具有决定性的证据。直到逮捕犯人。这部电视剧的主人公・系村聪（上川隆也）采取与那种现代科学搜查理论所不同的方法来追捕犯人。他所根据的是被害人遗留下来的“被害品”。从孩子时代就特别珍惜的玩具呀，平时从不离身的东西之类……这是因为“被害品”上残留着被害人的爱，最重要的是它残留着被害人最后的信息。主人公系村不拘泥于案发现场，而是观察被害者家里和工作场所的东西，听取被害人家人的回答来推测被害人的人性。最终使被害人不为人所知的一面浮出水面，连接出只用科学搜查方法查不出的犯人的一面。“被害人为什么会被杀？”系村通过被害人留下的各种遗留品来听取被害人最后的“声音”。《遗留搜查》第五弹回归，本季加入新成员梶原善。在第一集2小时的特别篇中，特对室成员要破解的是文物局女性命丧岩壁的案件。到达命案现场的糸村，为了收集遗留物，二话不说攀岩！拍摄地点位于滋贺县境内山中的攀岩胜地。上川隆也将首次挑战高度超过20米的攀岩。

内详

为了归还辖区警署证物，糸村聪和科搜研的村木繁一同来到宫津湾。在那里他们遇到了正在追捕疑犯的宫津中央署刑警石神一志，并帮助他抓到了疑犯。之后村木因晕船抱恙，糸村便和村木来到了附近的小饭店休息。就在这时，他们收到特对室的联络，京都市的前经济产业大臣音羽信彦被发现遭遇枪杀倒在家中，而此案的嫌疑人正是糸村他们所在的饭店的店主水岛俊树。水岛趁着糸村暂时离开饭店之际逃走了。之后糸村在店中的神龛上发现了一把奇怪的钥匙。据村木鉴定，那是一把制作了有50年的古董钥匙。另一方面，警方发现这次枪杀案所使用的枪支，就是5年前音羽前大臣的儿子贵志被枪杀时所使用的枪支。当时贵志和其父正全力引进风力发电项目。他被枪杀后，警方首先怀疑了反对他的环保团体，但结果因为证据不足，此案陷入了僵局。这两起案件是否有关联呢？此时，水岛的女友小川舞子以及音羽前大臣的女儿宫津市议员律子等人一一浮出了水面。与此同时，那把使用了两次的枪支又再次响起，这次到底又发生了什么事呢？