在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。这是由书中带着负面情绪诞生的“侵蚀者”所导致的灾难。被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。于是，有特殊能力的“炼金术师”作为特务司书被派遣至图书馆，为了对抗破坏书中世界的“侵蚀者”、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。

混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化……与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。