邪恶的宇宙海盗迪恩（胡谦配音）得到了能够吸收力量的魔石，妄图凭此统治宇宙，天蛇星少主缪斯（李晔配音）的能量被魔石吸收，性命岌岌可危，为了挽救缪斯，耶里梅斯出发寻找正气之铁，希望能够将它打造成煞魔圣剑，将迪恩彻底打败。镜头来到棱石星，迪恩的魔爪伸向了这片宁静的土地，为了对抗这股强大的邪恶力量，战神联盟聚集到了一起，然而，迪恩的实力实在过于可怕，雷伊（孙晔配音）、卡修斯（刘北辰配音）和布莱克（吴磊配音）等人接二连三的被吸入魔石之中。最终，盖亚（蒋可配音）和赛小息（罗玉婷配音）等人顺利的夺回了魔石，却也引来了迪恩派出的杀手。

青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。

《太乙仙魔录》为明代背景下的仙侠故事，讲述的是玄魔两道之间已经持续了数千年的纷争。因两道的决战接连两次发生在昆仑山，故又被称为昆仑之战。传说第一次和第二次昆仑之战玄门都在南极帝君和紫薇女帝的帮助下击败魔道，为中元界带来和平。我们的男女主角——小皇帝朱允炆和玄门弟子冷霜凝，正是南极帝君和紫薇女帝的转世。此番玄门内部生变，魔道众人也打算趁虚而入，第三次昆仑大战迫在眉睫。而这一次的大战的走向因为一股神秘力量的介入而显得更加阴云密布，中元界就此陷入危机。