悲伤的爱德华和阿尔冯斯两兄弟，试图利用炼金术中最大的禁忌——人体炼成术救活撒手人寰的母亲，谁知却遭遇巨大的灾难。失去身体的阿尔冯斯，其灵魂被封禁在铠甲中，爱德华则以自己的右臂和左脚为代价，迫使弟弟止步冥国门前。许多年后，爱德华（山田凉介饰）成长为这个国家中最年轻的钢之炼金术师，他与弟弟（水石亚飞梦配音）上下一心，共同奔跑在寻找贤者之石的道路上。与此同时，神秘的人造人拉丝特（松雪泰子饰）、恩维（本乡奏多饰）盘桓这个国家的角落，她们策划者恐怖的勾当，一时间上空阴云密布……本片根据荒川弘的原作漫画改编。

21世纪初，日本生物科技高度发达，其所研制并独家垄断的生物机器人极大推进了时代的进步，但同时其潜在的危害性也不断受到世界各国的指摘。不满于其他国家对该技术限制的呼声，日本于2067年单方面退出联合国，用高科技手段屏蔽一切外来信号，再次进入锁国状态。此后整整10年间，关于日本的现状外界一无所知。美国政府急于了解日本当前的状况，虽派出特种部队SWORD秘密潜入这个已经封闭了十个年头的神秘国家。当特种队员VEXILLE（黒木メイサ音）和里昂（谷原章介饰）进入日本后，眼前的一切却令他们大吃一惊……

落魄拳手丹下段平（香川照之饰）因欠债被黑社会追打，路人矢吹丈（山下智久饰）仗义出手，凭借出色的击打本能将黑社会击退。前科累累的孤儿矢吹丈因这次斗殴入监，段平十分欣赏丈的天赋，希望教授其拳击技术，然而只求眼下开心的丈无心学拳，直到他在狱中遇到劲敌力石彻（伊势谷友介饰），曾为职业拳手的力石轻松将丈击败，感到自尊受挫的丈自此开始按照段平寄来的拳击指导勤加练习。白木财团千金白木叶子（香里奈饰）与监狱合作举办狱中拳击赛，丈得以和白木的拳手力石再次较量，并凭借交叉拳打成平手。不久二人先后出狱，力石再度登上拳台，而丈则跟随段平开始进军职业拳赛。两人未了的胜负，终究需要一个结局……

抵达中央市之后，爱力克兄弟得知有个连环杀人犯脱逃，已知的情报只有两项：他额头上有个 X 形伤疤，而且只对国家炼金术师出手。

艾力克兄弟发现亚美斯多利斯最核心的腐败势力，这才知道幕后首脑竟与他们疏远的父亲有关。