企业号宇宙飞船遨游在太空，在人类和外星人中间传播好意，同时也在防范敌对星球有可能的攻击行为，因为有迹象表明，星际联盟的老对头罗木兰星球有可能发起新一轮的攻击。皮卡特船长和他的船员们也在小心翼翼的观察着事态的进展，时刻准备投入战斗。可就在这时，罗木兰星球发出了和谈的讯息，星际联盟命令企业号前往谈判，当皮卡特船长第一次见到罗木兰星球新的执政官后惊呆了，原来对方就是罗木兰很久以前制造的皮卡特的人类复制品，面对这个难缠的对手，皮卡特船长和他的船员们该如何是好？

1995年，反恐特别行动组特维斯中校（史蒂文·席格StevenSeagal饰）带队执行一次解救行动，不料却以失败告终……三个月后，军情局顾问戴维（库尔特·拉塞尔KurtRussell饰）接到消息：恐怖组织头目阿布亚法被捕并将被引渡到美国。10天后，一架由雅典飞往华盛顿的747客机被阿布亚法的副手安塔尔劫持，后者要求美国政府释放阿布亚法。戴维受命解决危机，他指出恐怖分子的本意是利用毒气炸弹攻击美国本土，所以坚决不能使飞机入境。同时参会的特维斯提出了大胆的计划：他要率领反恐特别行动组通过空中对接的方式登上被劫持的747客机……