妹妹公主RePure是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分组成，第一部分是一个独立的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。

寒冷的北海道钏路，可爱的高一新生高桥七美（ささきのぞみ配音）刚刚入学便结实了英俊帅气被全校绝大多数女生喜欢的矢野元晴（矢崎广配音）。从最初的心存反感到后来的神思牵挂，七美对元晴的情感也悄悄发生着变化。可是，元晴似乎藏着难以为人道的孤独和忧伤。原来他曾有一个相互爱恋的女友山本奈奈（ゆりん配音），但是一场事故夺去恋人的生命。终于有一天，七美鼓起勇气向元晴表白，元晴也向这个单纯执著的女孩打开心门。从这一天起，这对恋人以及他们身边所有的好友开始经历着一段交织着苦乐辛酸的青春爱情之旅……本片根据小畑友纪2004年荣获第50回小学馆漫画赏少女部门嘉奖的少女纯爱漫画《我们的存在》改编。

一次偶然中，真中淳平（铃村健一配音）在学校的天台上发现了一位身穿草莓内裤的陌生少女，凭借着草莓内裤这一重要信息，被少女美貌迷住的淳平决心在茫茫人海之中将少女找到。功夫不负有心人，淳平终于将目标锁定在了名为西野司（丰口惠美配音）的校园偶像身上，然而，她真的就是当初那位少女吗？原来，少女真正的名字叫做东城绫（能登麻美子配音），不知真相的淳平却也渐渐的被东城所吸引，可惜此时的他已经和西野确定了恋爱关系。文化祭即将到来，淳平决定拍摄一个短篇作为作品，东城、北大路五月（小林沙苗配音）、南户唯（水树奈奈配音）等好友亦来帮忙，在准备作品的这段日子里，一段充满了纠葛的感情在这些人之间展开了。

大财团公子哥市之宫行（神谷浩史配音）自由不知愁滋味，俨然叼着金汤匙出生的金贵少爷，就读于名门学府T大的他即将毕业，未来的人生一片光明，令人欣羡。他铭记市之宫家的家训“不求人，不欠人”，并以此为傲。可是现实的残酷却不得不令他拖欠人情，在开车通过荒川河时，他被几名少年抢走名贵跑车，裤子也被强行扒下挂在桥顶。强逞英雄的阿行爬桥不慎跌落水中，危急时刻被附近的少女小珊（坂本真绫配音）救助。拖欠了人情的阿行答应作小珊的恋人，他极不情愿地随着这个自称金星人的少女留在荒川河床，并解释了在此生活的一对电波系怪人：河童村长、星星、武士、修女、铁人兄弟等。有趣怪诞的故事就此展开……本片根据中村光的同名漫画改编。

森川由绮（平野绫配音）是隶属于绪方事务所的大学生偶像歌手，外表可爱歌声甜美的她在社会上拥有着高超的人气。由绮有着一个从大学时代开始交往的男友，名叫藤井冬弥（前野智昭配音），对于他们之间的感情，由绮分外的珍惜和看重。可惜冬弥却并不这么认为，对于女友日益高涨的人气，生性胆小懦弱的冬弥感到了分外的压力，两人之间开始有了深深的隔阂。和由绮同一事务所的绪方理奈（水树奈奈配音）出现在了冬弥的视线中。和由绮不同，理奈拥有着时尚的外形，个性也颇为要强，但正是这样的不同吸引了冬弥的目光。与此同时，开朗活泼的泽仓美咲（高本惠配音），幼齿天真的观月麻奈（户松遥配音）亦结连出现在了冬弥的身边，陷入情感漩涡的冬弥不知该何去何从。

死神武器职业专门学校，简称“死武专”。其学生分为“工匠”与“武器”。据称，收集99个鬼神的灵魂与1个魔女的灵魂，“武器”就会进化成最强的死神武器“DEATHSCYTHE”以最强的“工匠”为目标的镰刀“工匠”玛嘉与其“武器”SOUL二人，开始了艰辛的试炼。有同样目标的还有暗器“工匠”BLACKSTAR与“武器”务椿，和死神之子——死神•德•基德与他的武器双枪姐妹。三组少男少女成长的故事，伴随着的是“死武专”的危机四伏。神秘的魔女美杜莎心怀鬼胎；死神大人不离开“死武专”寸步，似乎也是为了隐藏天大的秘密。

“虫”既不是动物，也不是微生物，而是一种自然界中无处不在的力量，拥有独特的生命形态，偶尔和人类生命产生交汇，便生出一些奇妙的故事。但人们即使得知了“虫”的存在，大部分时候也不知如何应对，这便需要“虫师”出马。银古就是一位虫师，他一头银发，年纪尚轻，但已经半生游历，经过一个个山野、村庄，为人们解决“虫”的问题，通过和被“虫”困扰的人们接近，他也接近了许多故事。银古的游历像风一样，再惊心动魄的“虫”似乎都融化在水墨样的山峦叠嶂间，芸芸众生也是过眼云烟，淡淡的故事里没有哀伤只有静穆。