有着非凡的姿容，和卓越战斗力的少年·亚修。统领街头暴力团的他听到了，被手下所杀的男人在临死之际说出的“BANANAFISH”的神秘话语。与此同时，他与作为摄影师的助手来取材的日本少年·奥村英二相遇。两人决定一同追寻“BANANAFISH”之谜——

炎热的夏天又到了，观众们则迎来了活力四射、清凉十足的运动番《Free!》第二季！五位游泳部的伙伴，再次带着分外瞩目的肌肉线条，展开了关于游泳和友情的青春故事。在第二季中，主人公七濑遥（岛崎信长配音）以及好朋友橘真琴（铃木达央配音）成为岩鸢高中三年级生，他们一方面烦恼着没有新人加入游泳部，另一方面还面临着毕业去向问题。同为游泳部成员的渚（代永翼配音）和怜（平川大辅配音），积极准备着全国大赛的训练。与第一季相比，本季最大的看点，就是新角色山崎宗介（细谷佳正配音）的登场。他是凛（宫野真守配音）小学时代的好友，游泳实力强劲，转校归来加入了凛的游泳部。两个游泳部，两支接力队伍，在未来的全国赛上，会碰撞出什么样的青春水花？

小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长配音）和好朋友橘真琴（铃木达央配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。

喜屋武历（畠中祐配音）是一位非常热爱滑板运动的少年，对于名为“S”的滑板竞技比赛格外的热衷，一次偶然中，历和名为驰河兰加（小林千晃配音）的加拿大转学生一起参加了被称为“BEEF”的滑板决斗，就此被卷入了一段疯狂的经历之中。年纪虽小但实力可怖的知念实也（永冢拓马配音）、无论是外形还是性格都充满了反叛精神的比嘉广海（三宅健太配音）、身份神秘技术高超的樱屋敷薫（绿川光配音）、虽然身形庞大却有着惊人速度的南城虎次郎（松本保典配音），在比赛中，历和加兰结识了一群和他们志同道合的好友们，也遇见了不容小觑的劲敌。

表面上看来，东云名乃（古谷静佳配音）是一个外表可爱又有点天然呆的黑发女孩，可是，她背后醒目的发条暴露了她的真实身份——由博士（今野宏美配音）所改造的少女机器人。虽然对于自己背后的发条感到十分自卑，但博士总是以其非常可爱为由拒绝帮助名乃进行改造。在名乃就读的1年纪Q班中，汇聚着名乃的诸多好友们——个性过于活泼以至于经常暴走的相生祐子（本多真梨子配音），常常陷于对同性恋情的幻想之中的美术型女生长野原美绪（相泽舞配音），以及外表沉默安静内里腹黑毒舌的三好学生水上麻衣（富樫美铃配音）。就这样，经常处于脱线状态的日常和激烈的吐槽在这三人之间展开了。

本片是以神木高中“古典部”为舞台，围绕四个部员折木奉太郎、千反田爱瑠、福部里志、伊原摩耶花展开的校园推理剧。神木高中一年级生折木奉太郎是一个“节能”主义者，他信奉“不必要的事不做，非做不可的事就尽快解决”，过着“灰色”的高中生活。不参加任何社团的他，却因为姐姐的拜托而加入了濒临废部的“古典部”。在古典部他结识了好奇心旺盛的千金小姐千反田爱瑠，国中好友福部里志、伊原摩耶花也相继加入古典部。原来千反田失踪已久的舅舅就是当年古典部的部长，于是四人开始着手调查四十五年前古典部的神秘事件，而最大的线索就是当年的社刊“冰果”。冰果里隐藏了什么样的秘密，当年的部长为什么要退学……本动画改编自日本推理作家米泽穗信的古典部系列小说。

顺利升入高中的少年富樫勇太（福山润配音）在初中时代曾是暗黑系的中二病患者，当年他自称黑炎之主人，自我感觉良好地度过了无厘头的中学生活。但是此刻他“痛改前非”，将这段经历看作不堪回首的耻辱过去，为此甚至不惜报考一个离家很远没有人认识自己的高中。在新的学校，勇太如愿以偿结交了一色诚（保志总一朗配音）、丹生谷森夏（赤崎千夏配音）以及学姐五月七日茴香（浅仓幸美配音）这样稍显正常的朋友，也准备和心仪的女孩大谈一场浪漫恋爱。但是令他备为挠头的是，楼上新搬来的住户兼同班同学小鸟游六花（内田真礼配音）却是一个中二病的深度患者。小女孩每天唧唧歪歪，怪力乱神。好不容易摆脱初中阴影的勇太，高中恋爱之梦日渐飘渺……

故事发生在樱丘高中，围绕着由五个成员组成的轻音部展开。这支名为“放学后茶会”的乐队中，担任吉他和主唱的是天然呆少女平沢唯（丰崎爱生配音），担任贝斯手的是稳重但容易害羞的秋山澪（日笠阳子配音），担任鼓手的部长，是非常有活力的田井中律（佐藤聪美配音），温柔热情的键盘手是琴吹紬（寿美菜子配音），吉他手是学妹中野梓（竹达彩奈配音）。新学年开始，除了小梓，大家都升上三年级，还被分到了同一个班级。然而要是再不招揽新成员入部，来年四名成员毕业离校，轻音部就要面临废部的命运了。新学期樱高的各大社团都开始紧锣密鼓地招新，轻音部也使尽了各种办法，她们在新生欢迎会上的演出，能否吸引新人加入呢？K-ON!的青春故事在第二季中继续进行！