一场意外中，星村真姬那（秋山奈奈配音）一家人全都死在了神秘组织“七星”的手下。和尚田神景世（藤原启治配音）找到了真姬那的遗体，利用秘术将其复活，成为了拥有超越常人的力量的尸姬。身为尸姬，真姬那的敌人是她的同类“尸”，当斩杀了108名敌人之后，真姬那便可获得转生成佛的资格。神田死后，他的养子花神旺里（羽染达也配音）继承了神田和真姬那之间的契约，之后，外表可爱内心成熟的天瀬早季（菊地美香配音）、温柔可人的山神异月（中村知世配音）和成熟冷静的远冈明（悠木碧配音）等尸姬亦接二连三出现在了花神旺里的身边，而他们共同的敌人“七星”则再一次地开始了活动。

这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久配音）与生化人草薙素子（坂本真绫配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方……本片根据士郎正宗的原作改编。

在一场阴谋中，高中生星村真姬娜（秋山奈奈配音）及其全家被名为“七星”的神秘组织全数杀害。之后，和尚田神景世（藤原启治配音）利用属大元帅系真元密宗的光言宗的神秘法术将真姬娜复活使其成为“尸姬”——一种死前怨念极深，复活后拥有异于常人的强大行动力的活死人。尸姬通常为女性，按照契约中所述，她们要跟同类“尸”战斗，当斩杀满108个敌人后，即可获得通往极乐世界的资格。不久之后，田神景世战死，他与真姬娜的契约转换到了其养子花神旺里（羽染达也配音）手中。在同伴的帮助下，真姬娜开始追查杀害父母的真凶的下落，而邪恶的“七星”也为了某些秘密的目的而开始蠢蠢欲动。