静静的宇宙，一艘名叫“贝蒂”的太空船正在飞向“御夫座”星球。船上躺着数十个被麻醉冻僵了的地球人，他们全然不知即将到来的灾难。原来，丧尽天良的军方和商人将这些人诱拐过来，要送到“御夫座”上孵化异形女皇两百年前生下的蛋。雷普莉（西格妮•韦弗SigourneyWeaver饰）已成为了异形女皇生下的转世为人的异形人。她的基因里带上了异形的基因，变得特别强壮、忽明忽暗，成了“双面人”。“贝蒂”上有个叫考尔（维诺娜•赖德WinonaRyder饰）的年轻女人，正在设法破坏孵化异形蛋计划。当“贝蒂”来到“御夫座”，意想不到的情形发生了！

杰克（哈里森·福特HarrisonFord饰）曾是中情局的一名情报员，在一次度假中，他偶然目睹了一场以北爱尔兰国务大臣霍姆斯（詹姆斯·福克斯JamesFox饰）为目标的恐怖活动，职业习惯让他无法对此坐视不管，在杰克的协助下，恐怖份子米勒（肖恩·宾SeanBean饰）被捉拿归案，杰克也得到了赢得的奖赏。虽然行动失败了，但恐怖分子们并没就就此罢休，而是决定再干一票，此时已经越狱成功的米勒主动请缨加入行动，他的脑中只有一个念头，那就是向杰克寻仇。很快，敏感的杰克就发现自己和家人正处于极度危险之中，为了捍卫国家和平，更为了保护自己的家人，杰克回到中情局，重操旧业。