第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

在一个平静的夜晚，一辆飞驰而来的汽车，撞碎了音乐教授约翰（威廉·麦鲍瑟WilliamMapother饰）的幸福生活，他的妻女以及美好的人生都被尚未成年的少女罗娜（布里特·马灵BritMarling饰）夺去。这起事故，也让罗娜的心灵蒙受巨大打击。罪恶感让她过着最底层的生活，却始终逃脱不掉灵魂的谴责。偶然机会，她重逢约翰，并以清洁人员的名义走进约翰潦倒无望的生活。在一段时间相处过后，他们渐渐温暖了彼此漫布创痕的心。与此同时，人类发现了一颗与地球极为相似的行星，而那里似乎也住着人类另一个自己。这是希望，还是美好的梦想？本片荣获2011年圣丹斯电影节评委会特别奖。