御苑生奈奈子进入名校青兰女子学园开始了她的高中生涯，在那里她遇到了学校的风云人物折原熏和朝霞丽并与之成为好友。不知为何，全校少女向往进入的“女青社”社长一之宫露子对奈奈子多加照顾，盛邀她成为“女青社”的一员，这同时也激起了众人的嫉妒。丽的痛楚、熏的苦笑还有露子那捉摸不定的态度，一切都源于奈奈子给哥哥的信。

世纪末即将来临，然而，这究竟是地球新的开始，亦或是真正的末日呢？这一切都掌握在“天龙”和“地龙”的手中。平凡而冷漠的少年司狼神威（铃村健一配音）在某一日拔出了封印在地底的神剑，与此同时，他即将面临一个困难的选择——保护地球成为“天龙”，或是毁灭地球成为“地龙”。14名谜样的男女聚集到了东京的土地上，他们分别是天龙七封印和地龙七御史，这14名身世复杂的男女要为了争夺地球而展开一场残酷的战斗。神威选择了成为天龙，而出现在他眼前的，地龙的首领居然是自己儿时的挚友桃生封真（诹访部顺一配音），封真当着神威的面杀死了自己的妹妹小鸟（能登麻美子配音），从此，两人之间的宿命开始了流转。天龙节节败退，最后仅剩东京铁塔上的结界还在维持着运作，而当此结界被打破时，就是地球的终结之日。被预言必将失败的神威，能否扭转地球的命运？

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。