正就读中学的少年迈尔斯（沙梅克·摩尔ShameikMoore配音）意外被一只遭受放射性污染的蜘蛛咬伤，随后身体发生奇特的变化。偶然机缘，他目睹了蜘蛛侠（克里斯·派恩ChrisPine配音）和犯罪头目金并（列维·施瑞博尔LievSchreiber配音）的战斗。为了阻止金并利用时空对撞机扰乱宇宙，蜘蛛侠最终壮烈牺牲。可未过多久，来自平行宇宙的颓废的彼德·帕克（杰克·约翰逊JakeM.Johnson配音）出现在迈尔斯面前。为了阻止金并的阴谋，并帮助这个帕克返回自己的宇宙，他们闯入金并的老巢。在这一过程中，二人遭到章鱼博士和徘徊者的狙击。与此同时，来自其他宇宙的女蜘蛛侠、暗影蜘蛛侠、蜘猪侠、二次元蜘蛛妹相继出现。他们合力与恶势力展开斗争……

故事背景是以南美移民子女为主的洛杉矶加菲莆高中。原来任职电脑公司的伊斯克兰特为施展抱负到该校任教，因该校经费拮据没有电脑，只好改教数学。他用强悍的教学方式台阶驯服了以菲利浦为首的顽劣学生，并帮他们以高分通过了越级考试，不料竟被人怀疑为集体作弊。学生们为了澄清误会决定重考，师生之间合作无间，终创下合格人数之最高纪录，也为该校争取到购卖电脑的经费

十三，一个听起来就有些阴冷的数字。在一座大厦的第十三层，科学家道格拉斯•霍尔（克雷戈•比克饰）和汉农•富勒（阿明•缪勒－斯塔尔饰）用电脑模拟出一个逼真的1937年的洛杉矶，他们可以通过电脑进入这个虚拟世界，真实地体验1937年的生活与自己。然而一个夜里，富勒被人杀死，种种线索都表明似乎是霍尔所为。可霍尔却对当天夜里的事情全无记忆。这时一个自称是富勒女儿的女人又神秘出现，可霍尔从未听富勒说过自己有女儿……为了找到凶手明晓真相，霍尔循着富勒留下的线索来到虚拟世界中，他离真相越来越近了……近到窒息……