故事围绕旧金山最后一个，也是即将消失的黑人社区展开。一个黑人男子(吉米·凡尔斯饰)和他的朋友(乔纳森·梅杰斯饰)为找回属于家族的归属感，他们决定买下属于自己家族的房子。

尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……