故事发生在昭和49年的东京，在这里，居住着94岁高龄的画家熊谷守一（山崎努饰）。熊谷守一和妻子秀子（树木希林饰）拥有一个温馨的家，一条门廊，一片小院，足以让两人的日子过得有滋有味。每一天，熊谷守一都能够从自家后院的树木植被里感受到季节和时间的变迁，他和妻子都做已经参透了生活的奥义——那些生命里真正能够带来乐趣的元素，并非是钱可以买来的。本以为这样惬意的日子没有尽头，可某一日，熊谷守一得知了自己家旁边即将盖一栋高耸入云的大楼的消息，大楼的影子将投射到他家的院子里，这也就意味着在那里生长的那些需要阳光的植物，都将面临死亡的下场。

日本建设部官员川村康宏在职期间被认为大量搜集美国方面的机密，为防止对本国构成危害，美国方面派遣CIA官员跟踪川村，时刻准备夺回据说藏有机密的U盘。在行动之初，CIA发现杀手约翰·雷恩（椎名桔平饰）也介入进来。约翰是美日混血儿，越战之后受训成为成为一名独行杀手，足迹遍布世界各地，成为令美国政府颇为头痛的人物。当川村步入地下铁时突遭心脏病身亡，而那支U盘下落不明。在此之后，CIA、日本警察、日本黑帮相继行动起来，他们共同将目光锁定在川村的女儿阿绿（长谷川京子饰）和约翰的身上……本片根据美国惊悚小说名家贝瑞·艾斯勒（BarryEisler）的处女作、也是“杀手约翰·雷恩系列”（assassinJohnRainseries）的第一部改编。