安妮（桑德拉·布洛克SandraBullock饰）和杰克的恋情并未走到最后，失落的安妮决意不再与特警恋爱，现任男友亚历克斯（杰森·帕特里克JasonPatric饰）为爱情隐藏特警身份，但无奈还是暴露，于是携安妮前往加勒比海度假作为弥补。在他们的游轮上，潜藏着一名危险人物——设计轮船操作系统的工程师基格（威廉·达福WillemDafoe饰），基格身患绝症却遭到解雇，他为了报复公司掌控了轮船的自动航行系统，在船内装满炸弹，船长只得与乘客弃船，危机关头，亚历克斯挺身而出，与安妮返回船上救助被困的乘客。在游轮冲向毁灭终点的同时，安妮又落入了基格之手……

围绕蟹黄堡的神秘配方，痞老板和蟹老板展开了新一轮的战争。虽然海绵宝宝成功挫败痞老板的猛烈攻势，但是却依然中了对方的诡计。关键时刻，配方凭空消失，直接后果便是导致没人能再做出蟹黄堡。对于日常极度依赖蟹黄堡的比奇堡的居民来说，这一消息无异于晴天霹雳。小镇的宁静荡然无存，海底世界陷入末世般的混乱与动荡之中。由于搭救了痞老板，海绵宝宝被大家当作叛徒对待。危机时刻，海绵宝宝、派大星、痞老板、蟹老板、松鼠珊蒂、章鱼哥得以穿越时空，并顺着蟹黄堡的香味来到了人头攒动的沙滩上。在那里他们遇见了利用诡计偷走秘方的胡子海盗（安东尼奥·班德拉斯AntonioBanderas饰），于是一场蟹黄堡的攻防战由此展开……