第二集中，尼奥（基努·里维斯KeanuReeves饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩LaurenceFishburne饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯Carrie-AnneMoss饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

第二部在延续第一部风格的同时，故事呈现出多线发展的格局，情节有了更高的观赏性。第一部结尾，博罗米尔被强兽人杀死之后，两个霍比特人皮平和梅利也被强兽人绑架，阿拉贡、精灵莱戈拉斯（奥兰多·布鲁姆饰）、侏儒金利一路追踪强兽人，营救皮平和梅利，遇到了“复活”的白袍巫师甘道夫（伊恩·麦克莱恩饰）。此时，投降索伦的白袍巫师萨鲁曼控制了人类洛汉王国的国王，并派出大量的强兽人军队，准备消灭人类。阿拉贡、莱戈拉斯和金利在甘道夫的带领下，帮助洛汉王国对抗邪恶力量的入侵。幸运的皮平和梅利被会说话的树精救了出来，并且遇到“复活”的甘道夫，在甘道夫的授意下，树精保护了两人的安全，并且带他们参加树精大会，大会上，树精们讨论对待中土大战的态度：是继续当中立者，逆来顺受，还是奋起反抗？身负重任的佛罗多（伊利亚·伍德饰）和山姆继续向末日山脉前进，一路上被咕噜跟踪，弗罗多依靠至尊魔戒的力量，成为了咕噜的主人，在咕噜的带领下，他们到了末日山脉的入口，黑门。就在他们准备进入之时，博罗米尔的弟弟法莫尔出现，将他们带回了刚铎。弗罗多又遇上了新的危机：法莫尔想利用至尊魔戒的力量对抗萨鲁曼的攻击……

一次灾难性事件毁灭了文明，数千年后，人类已经适应，并进化出了新的生存方式。如今，巨大的移动城市在地球上漫步，无情地吞噬着小牵引城镇。汤姆·纳茨沃西（罗伯特·席安饰），来自大牵引城市伦敦的低层，在遭遇了危险逃犯海特·肖（海拉·希尔莫饰）后，不得不开始为生存而奋战。两个截然相反，本不该相遇的人，却意外结盟，他们注定将改变未来。