住在埼玉的菅原一家，正开车前往东京，准备和未来的亲家见面。此时，车中电台播送起一则传说……故事发生在东京屈指可数的名校白鹏堂学院，事情要从学生会长坛之浦百美（二阶堂富美饰），和从美国转校而来的麻实丽（GACKT饰）相遇说起。外表气质不凡，看似东京人的丽，其实是埼玉县人。对丽明里暗里庇护着埼玉人的行为，百美感到不解，却又情不自禁被丽所吸引。渐渐地，故事发展成一场东京和埼玉之间的抗争，甚至连隔壁的千叶也被牵扯进来……

东京都内发生一起连环爆炸事故，警视厅搜查一课林田虎之助（水岛宏饰）与上司丹原朋实（香川照之饰）在现场逮捕了疑似嫌疑人的古怪男子九十九龙介（木村拓哉饰）。警视厅内，龙介却利用缜密的推理能力很快揪出了真正的犯人，令两人惊诧不已。原来龙介竟是科学警察研究所（IPS）脑科学部的新主任。五年前还在夜店工作的他因一次意外右脑变得异常发达，从而成为一名优秀的脑科学者。在IPS脑科学部，龙介以特立独行的方式带领着从化学部调派来的唯一助手由里和音（绫濑遥饰），协助警视厅侦破了诸多看似匪夷所思的棘手案件。本剧每集都邀请明星客串，广末凉子、市川海老藏、Gackt、龟梨和也、仲间由纪惠、香取慎吾等人悉数登场。

他为了死亡，选择了侦探之路……时为2030年代。集合在神秘侦探明智小五郎手下的“少年侦探团”。他们以天赋的行动力，将大大小小的事件导向解决。某天，成员花崎健介遇到了神秘的少年小林芳雄。由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林，期盼着自身的死，拒绝与他人的接触。对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’？”……小林与花崎。他们的相遇，终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错，并推动两人的命运……