ガイナックスによる人気ロボットアニメの劇場版「天元突破グレンラガン／紅蓮篇」に続く第2弾。大グレン団は螺旋族王四天王を撃破し、王都テッペリンにて螺旋王ロージェノムとの壮絶な一騎打ちを制したシモン。王都攻略後、瞬く間に文明を構築した人類だったが、宇宙にまでその手を伸ばしたとき、正体不明の敵が現れる……。

曾几何时，神秘生物奇居子入侵太阳系，致使人类流离失所，只能乘坐行星般大小的巨型飞船希德尼娅流浪在茫茫宇宙中。如是过了漫长的一千年，而今希德尼娅的居民们已有一百年未曾遭遇奇居子，不过他们从未放松警惕，培养了一代又一代操纵人形兵器“卫人”的驾驶员。某天，居住在地下的青年谷风长道（逢坂良太配音）迫于饥饿爬到地面，偷米后被人抓住，后在舰长（大原沙耶香配音）的授意下成为卫人驾驶员第628期的训练生，在这里他见到了有过一面之缘的善良女孩星白闲（洲崎绫配音）、友好的第三性人科户濑伊扎那（丰崎爱生配音）以及高傲刚愎的岐神海苔夫（樱井孝宏配音）等人。未几，少年们外出执行采集任务，甚至却遭逢百年不见的奇居子。沉寂已久的宇宙战争再度拉开帷幕……本片根据贰瓶勉的漫画原作改编。

伊庭树（福山润配音）是一位平凡的少年，在一场意外中，他失去了右眼，不得已带上了眼罩。伊庭树的个性格外懦弱胆小，稍有不慎就会吓到晕倒。七年前，伊庭树的父亲无故失踪，七年过去依旧了无音信，依照法律，伊庭树即将继承父亲的财产——一间名为阿斯特拉尔的公司。让伊庭树没有想到的是，这间表面看来十分普通的公司，经营的竟然是租赁魔法使的生意，个性活泼温柔体贴的穗波（植田佳奈配音）、美丽高贵的阿缔莉西亚（高桥美佳子配音）、稳重可靠的猫屋敷莲（诹访部顺一配音）、活泼乐观元气满满的葛城美贯（钉宫理惠配音），这些异于常人的魔法师们接二连三出现在了伊庭树的生活中，胆小如他，伊庭树能够应付的过来吗？