转眼间已经是1979年，第二代教父麦克•柯里昂（阿尔•帕西诺饰）到了垂暮之年，为了灵魂的救赎，麦克慢慢结束家族的黑道事业，转投正当生意。麦克的儿子托尼酷爱艺术，无意接手家族事业，迈克尔决定让大哥逊尼的私生子，火爆好色的文森（安迪•加西亚饰）继承家业，当第三代教父。麦克的爱女玛丽（索菲娅•科波拉饰）和文森相恋，遭到父亲的反对，父女渐渐疏远。为了使家族资产合法化，麦克通过在梵蒂冈教廷的关系网，准备投资“屹立”集团，却遭到敌人的暗中阻挠，教皇的去世也让事情更加扑朔迷离。麦克无奈之下，只能重新选择用暴力解决问题，他的亲人也被卷入了这场血雨腥风。

迈克尔（阿尔·帕西诺饰）是美利坚黑手党科利昂家族的头目。迈克尔的父亲维托·安多里尼（罗伯特·德尼罗饰）出生于意大利科利昂镇。1901年，维托的父亲安东尼奥、兄长保罗、母亲（玛丽亚·卡塔饰）都死于黑手党西乔家族之手。9岁的维托只得漂洋过海逃亡美利坚谋生。入境时，海关官员（理查德·沃森饰）将其名姓登记为维托·科利昂。1958年，迈克尔为儿子安东尼（詹姆斯·古纳瑞斯饰）举办了初领圣体的聚会，不想当晚便遭遇暗杀。迈克尔侥幸躲过一劫，两名杀手却被人灭口。维托在异国他乡如何生存？他身负的血海深仇能否得报？想要迈克尔性命的是谁？将杀手灭口的又是谁？

1933年，纽约流氓Noodles（罗伯特·德·尼罗饰）因向哈洛伦警司（布鲁斯·巴伦堡饰）通风报信害死了三名同伙而被追杀。逃亡之前，他打开了存放帮派基金的手提箱，里面却只有报纸。1968年，已改名换姓的Noodles收到一封犹太会堂通知迁葬亲友的信。Noodles联系拉比，得知信是八个月前寄出的，他的三名同伙已被迁葬至一所豪华公墓。Noodles回到纽约，找老友莫（拉里·拉普饰）了解情况，却一无所获。闲谈中，Noodles问起莫的妹妹黛博拉（伊丽莎白·麦戈文饰）的情况，得知其已成名角。原来，两人少时互有好感，但黛博拉（詹妮弗·康纳利饰）志向高远脚踏实地，理智地将街头混混Noodles（斯科特·提勒饰）拒于门外。Noodles在公墓发现了一把钥匙，并用钥匙打开了当年存放手提箱的储物柜。这一次，箱子里有满满的百元钞，还有写着“下一份工作的预付款”的纸条……