《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。

新一季中，莱特曼集团的经营似乎陷入最困难的时期，集团与FBI的长期合作宣告终止，卡尔·莱特曼博士（蒂姆·罗素TimRoth饰）签约的新书迟迟未能完成，面临对簿公堂的窘境，而这位拥有极高才华的天才博士和家人、同事之间的关系也变得颇为复杂。他与女儿艾米莉（海莉·麦可法兰德HayleyMcFarland饰）相互依存，女儿有时会反抗父亲的强势，扮演着母亲的角色；他和吉莉安·福斯特（凯利·威廉姆斯KelliWilliams饰）的关系暧昧不清，相互试探，又颇显紧张。与此同时，各种各样棘手案件纷至沓来，银行抢劫案、文物展览会盗窃案、矿井爆炸案、宗教团体事件……无一不对莱特曼提出最严峻和最危险的考验。