由人类改造而成的“水之星球”AQUA上，有一座著名的观光城市“新威尼斯”。15岁的水无灯里（叶月绘理乃配音）从地球来到新威尼斯，憧憬着成为一名帅气的领航员，“领航员”的主要工作是划着凤尾舟载着游客领略水城的美景。她在一所叫亚利亚的领航公司中担任领航员工作，她先后结识了蓝华、爱丽丝等好友，还遇上被称为“三大水精灵”之一的艾丽西亚前辈。身为“半熟手”的灯里，尽管还不能熟练地出航招待客人，但她每一天都为梦想而努力着。在水之城新威尼斯上，乐天派的灯里和她的朋友们经历着各种各样的新鲜事，从这些与地球全然不同的际遇中，灯里渐渐地意识到要成为一名出色的领航员意味着什么。

岩仓玲音的同学四方田千砂自杀了。没有任何前兆的自杀事件让同学们不知所措，一周后，玲音收到了千砂的短信。明明已死的千砂居然以手机短信和玲音开始了交流。回到家，玲音用爸爸给她的电脑开始与千砂联系。当谈及为何自杀时，千砂回答说“因为我已经不需要身体了，没有身体，我可以在wired网络之间继续活着。”不解的玲音继续调查千砂的事件，发现wired网络之中隐藏的巨大秘密，玲音自己的身世也出现了谜团。玲音面对网络世界中的真相，耳边不断响起千砂的话“我生存在wired中，因为神在那里。”