科学家本（ZachGalifianakis饰）隶属于美国政府某个秘密部门，它通过高科技手段训练豚鼠说话与思考，并将它们培养成特工人员。然而，本的部门却面临被FBI关闭的局面，为了证明他和豚鼠特工的能力，本向豚鼠特工队的负责鼠达尔文（山姆·洛克威尔SamRockwell配音）下令，要它们潜入赛博林工业的CEO罗纳德·赛博（BillNighy饰）的办公室，寻找罗纳德向中东国家出卖可用于军事的高科技芯片的证据。达尔文毫不怠慢，带着布拉斯特（崔西·摩根TracyMorgan配音）、华蕾斯（佩内洛普·克鲁兹PenélopeCruz配音）、苍蝇莫奇和斯贝克斯（尼古拉斯·凯奇NicolasCage配音）等成员迅速展开行动。这群豚鼠特工队员体型虽小，却身怀绝技，它们成功闯入罗纳德的办公室，并下载到重要资料。然而，这场冒险才刚刚开始……

本片根据霍利•布莱克（HollyBlack）及托尼•迪特里奇（TonyDiTerlizzi）的同名畅销小说改编。单亲母亲格蕾丝（玛丽-路易斯•帕克Mary-LouiseParker饰）带着双胞胎儿子贾里德与西蒙（弗莱迪•海默尔FreddieHighmore饰）和大女儿马洛丽（莎拉•伯格SarahBolger饰）搬入斯派特维克祖居，竟碰到一系列怪事。贾里德在独自调查过程中发现了楼顶阁楼中伯祖母父亲阿瑟•斯派特维克（大卫•斯特雷泽恩DavidStrathairn饰）的精灵探索指南。尽管书表皮有一纸警告，贾里德还是阅读了指南，随后便看到了书中描述的精灵之一，棕精灵辛伯来泰克（马丁•肖特配音）。辛伯来泰克警告贾里德不能把书拿到斯派特维克祖居保护圈外，以防恶灵莫格拉斯（尼克•诺特NickNolte饰）将指南据为己有，加害其他精灵。但莫格拉斯的手下已得知指南重见天日的事实，并错抓了西蒙。为了保护指南及家庭，三兄妹必须与莫格拉斯展开殊死搏斗……