ある日、仮面ライダーゴーストこと天空寺タケル（西銘駿）の前に仮面ライダーダークゴースト（木村了）が出現。ダークゴーストの目的は、100人の英雄の眼魂（アイコン）を収集し究極の眼魂を作り上げ、全ての人間をゴーストにすることだった。タケルや深海マコト（山本涼介）、アラン（磯村勇斗）はダークゴーストに立ち向かう。

由于接二连三发生离奇事件，泊进之介和诗岛雾子奉命来到天空寺，希望作为目击证人的月村明里（大泽光饰）和天空寺尊（西铭骏饰）能协助弄清事件背后的真相。而当他们抵达天空寺的时候，却发现尊正和眼魔陷入苦战。进之介化身为假面骑士Ghost加入战斗，就在此时时空不知被什么扭曲，进之介和尊瞬间回到了十年前。在那里，天空寺尊看到了本应去世的父亲龙（西村和彦饰）和孩童时候的自己。另一方面，由于两人误入时空乱流的缘故，当下时间里本应该被假面骑士Drive消灭的Roidmude再度复活。为了阻止恶魔的进犯，假面骑士Specter、Mach、Chaser相继出现，与对手展开了一场正邪大较量。谁曾想复活后的Roidmude实力空前强大，尊和进之介如果不能及时返回本来的世界，人类必将面临灭亡的危险。但是尊发现父亲马上要被敌人夺去性命，他决心留在过去改变父亲的命运。殊不知，自己正一步步走入世纪天才里昂纳多·达芬奇精心布置的陷阱之中……

一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（GhostEyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。