妹妹公主RePure是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分组成，第一部分是一个独立的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。

普通高中生四月一日君寻（福山润配音），有着异于常人的体质，他可以看到并且吸引各种鬼怪，而如果和同学百目鬼静（中井和哉配音）在一起时，就不会被鬼怪缠上。因为命运的牵引，四月一日走进了一家奇怪的店里，这是一家可以帮客人实现任何愿望的店，但是店主人壹原侑子（大原沙耶香配音）同时要拿走和这愿望对等的代价。侑子答应帮四月一日实现远离鬼怪的愿望，而作为代价，四月一日要留在店里打工。有一天，一个阴郁的少女走进店里，委托侑子实现自己的愿望。由此，侑子、四月一日和百目鬼三人来到了一所诡异的豪宅里。在这里，他们遇到一群奇奇怪怪的收藏家，同时，四月一日在这所大房子中遭遇了各种各样的灵异事件，犹如在仲夏夜里做了一场诡秘的梦……

高中生四月一日君寻（福山润配音），有着异于常人的体质，他可以看到并且吸引各种鬼怪。他身边的好友百目鬼（中井和哉配音）和小葵（伊藤静配音）都是特殊能力者，百目鬼有着驱除妖魔的能力，而小葵则有招来厄运的体质。在命运的牵引下，四月一日闯进了壹原侑子（大原沙耶香配音）的店里，这是一家可以帮人实现任何愿望的店，但是委托人必须付出对等代价。于是四月一日委托侑子帮他远离鬼怪，作为代价，他留在店里打工。随后，他又结识了一个少女灵能力者，五月七日小羽。因为长期留在店里打工，四月一日穿越在次元间，接触到各种不思议现象。而在这一季中，四月一日有了更多切身的经历，他更加清晰地看到了自己和身边人之间息息相关的命运。梦境与现实，前世与未来，原来一切都正如侑子所说的——这个世上没有什么偶然，有的只有必然……

高中生四月一日君寻（福山润配音）有着令他十分困扰的灵异体质，他总是能在不知不觉的情况下吸引大量的灵体。一日，偶然中他踏进了一间魔法商店，遇见了美丽神秘的店主壹原郁子（大原沙耶香配音）。郁子告诉他这是一件帮人达成愿望的商店，四月一日君寻遂许下了希望能解除特异体质的愿望，可是这愿望售价昂贵，四月一日君寻不得不在店里打工来付清欠款。此间，他结实了沉默寡言的白目鬼静（中井和哉配音）、厄运缠身的九轩葵（伊藤静配音），以及一只造型怪异的名叫魔可拿的宠物。在打工的过程中，四月一日君寻接触了一系列与愿望有关的事件，他发现，这个世上有好的愿望，有坏的愿望，有单纯的愿望，却也有无论如何努力都无法达成的愿望。人性、命运、必然、偶然，这一切都在店主壹原郁子的掌控之中。

宁静祥和的空座镇迎来金黄色的秋天，黑崎一护（森田成一配音）和朽木露琪亚（折笠富美子配音）刚刚处理完虚作乱的事件，镇车站旁便出现成群的欠魂。它们四处游走，任何驱逐方法都失去效力。正当他们一筹莫展之时，持有斩魂刀“弥勒丸”的死神少女茜雫突然出现，并成功驱散欠魂。露琪亚对一连串的事件颇感不安，于是回到尸魂界调查。从护廷十三队的口中，一护得知现世和尸魂界中间的断界出现新的空间，并且不断膨胀，导致现世与尸魂界相通。这一切并非自然形成，似乎有人正暗中操纵着一切，而茜雫正是这起事件的关键……本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编，系该动画的第一部剧场版。

在实验室里工作的涅被像镰刀一样的东西袭击，身体产生了异变。涅突然像疯了似的，没有缘由地乱敲试验装置的操作盘。於是，一瞬间瀞灵廷被灵子云所覆盖，死神们都准备去联络涅。当剑八冲进涅的实验室时，发生了巨大的灵子爆炸。然后，瀞灵廷被破坏了。露琪亚惊愕地在远处发现了瀞灵廷被破坏，在她面前出现了某个影子。那个影子向露琪亚斩下镰刀，露琪亚的身体（心）之中像是有什麼东西消失了……同时，现世中感觉到异变的一护去找浦原。一护从浦原那裏听到了「瀞灵廷被破坏」的消息，便和魂一同去尸魂界。在崩坏的净灵廷中等待著一护的，是消除了和一护相关记忆的恋次等人。不仅仅是一护的事情，连露琪亚的事情都消失了。在死神面前虚化的一护，被当成了破坏净灵廷的犯人追杀……。尸魂界里到底发生了什麼？谜之两个黑影的真实身份是？露琪亚去了哪里？一护孤独的战斗开始了……。