小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险……另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为“魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！

无论是光鲜亮丽、群星拱月的公众人物，还是普通行业艰苦求生的普通小人物，再谦和的外表下都藏着万千思绪，一旦心中的不满爆发，他们将化身为夺人性命的恶魔。虽然小心翼翼设计杀局，可一旦碰上绅士刑警古畑任三郎（田村正和饰），一切罪行都将大白于天下。当红相声演员雅乐（市川染五郎饰）、受人尊敬的村长荒木嘉右卫门（松村达雄饰）、著名小说家安斋亨（津川雅彦饰）、美术研究者台修三（玉置浩二饰）……更隐秘的心事、更狡猾的谜局与更为多样的犯案场所。古畑刑警和搭档今泉慎太郎（西村雅彦饰）、刑警西园寺守（石井正则饰）、无处不在的向岛（小林隆饰）共同展开令人击节赞叹的高超推理！