本作の主人公は、人間の生態を調査するために土星からやってきた宇宙人。彼は地球の家族、真田家の次男・日出男として親代わりの長男・夢二、しっかり者の長女・想乃、頼りない三男・詩文と暮らしていた。家族になりすまして23年が経ち、地球を離れる日が近づく日出男は、最後の３日間で人間としてやり残したことに奮闘する。

堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。

日本节目以“有点心机又如何”作为主题，邀请5位颇有心得的女生，分享12招联谊活动心机动作。