上一部结尾，尼奥（基奴李维斯饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

在一个普通的夜晚，约翰（斯科特·阿金斯ScottAdkins饰）的家被几名蒙面人闯入，他遭到对方无情痛击，血流满面，疼痛难耐，接着妻子与可爱的女儿便在眼前被匪徒们枪杀。在昏迷长达数月后，约翰苏醒过来，他清楚记得曾摘下头套以真面目示人的匪徒头目的长相，从负责此案的FBI探员口中得知，此人名叫卢克·戴沃洛克斯（尚格·云顿Jean-ClaudeVanDamme饰），曾经是一名孔武骠悍的军人。约翰无论如何也想不透遭此厄运的缘由，回到家中，往昔美好情景历历浮现，令他痛苦不堪。在这一过程中，卢克宛如鬼魅一般时时刻刻搅扰约翰的神经，他尝试寻找真相，却发现那看似真实无疑的记忆竟也如此虚假。与此同时，卢克和一群曾经被操控的战士组织了反政府的武装，时刻图谋推翻奴役他们的统治者……