寻找101体〈Chemi〉！新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！101张卡片进行形态变换！？高中生・一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！

校外旅行途中，乖乖女光子（特林德尔·玲奈饰）所乘坐的巴士突然被一阵狂风拦腰切成两段，光子刚好俯身捡东西所以幸免于难，但是秋等伙伴全部被齐刷刷地切去了上半身。惊慌失措的女孩夺路狂奔，一路上目睹了无数人被神秘之风杀死的惨状。突然，她仿佛置身于灾难前的时光，惊魂未定的光子和秋等伙伴们一同上学，谁知针对高中女生的大屠杀接踵而至。逃亡途中，光子仿佛穿越了不同的时空，她一会儿是待嫁的新娘启子（篠田麻里子饰）、一会儿又是参加马拉松大赛的泉（真野惠里菜饰）。唯一不变的是，针对少女们的追杀从未停止……本片以山田悠介的同名小说为原案改编。

自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士AmazonNeo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。

在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间PestonService驱除班秘密处理“Amazon”。就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。