围绕所有生命起源地——神圣湖泊格兰雷库，阿德兹联邦与托兰王国展开了旷日持久的战争，彻底摧毁了这里的祥和与宁静。阿德兹联邦野心勃勃，妄图称霸世界。在它强大武力的攻势下，托兰王国被逼上危险境地。关键时刻，乘坐着小型飞艇的空族少女法姆（丰崎爱生配音）出现在托兰王国的公主们的面前。她是居住在靠近天空之城“卡尔塔法尔”的空族少女，天性爱好和平。法姆不由分说加入战局，而阿德兹联邦总统鲁斯吉尼亚（兴津和幸配音）的心中又隐藏着什么不可告人的秘密呢？

和人类社会并行存在一个精灵的世界，那里的水精灵一百年产一次卵，新孵化的卵化身为精灵继续庇护人类社会的繁衍生息。这一次第二皇子查克姆被选为水之精灵守护人，担负起精灵和人类的双重命运。然而由于人类社会的传史错误，查克姆被视为不祥之物的附身，遭到皇族的秘密追杀。女保镖巴鲁萨成为他的监护人，带着皇子在民间谋生，躲避杀害。离水之精灵的卵孵化的日子越来越近，皇子的命运也越来越危机重重。精灵世界的土精灵食卵者正四处寻找守护人，将他撕开吃掉。年仅十几岁的查克姆和巴鲁萨建立起深刻的感情，彼此视为亲人。他们该怎么面对命运的考验呢？背负起责任，勇敢向前！

故事发生在一座风景秀丽的小岛之上，古森太郎（小野贤章配音）、中岛匡幸（福山润配音）和大神信（保志总一朗配音）是生活在这里的三位少年，每个人都有一段不愿意回忆的悲伤过往。某日，厌倦了一成不变无聊生活的三人聚集到了一起，前往传说中的诅咒之地探险，在“现世”和“幽世”的交接处，三人目睹了十分恐怖而又充满了痛苦的景象。恐惧之中，三人匆忙逃跑，却发现灵魂竟然脱离了肉体，当他们再度找回肉身之后，一切都改变了，三人获得了自由穿梭于两个世界的特异功能。与此同时，古森太郎曾经遭遇过的绑票事件的真相重新浮出了水面。