1939年的德国，9岁的小女孩莉赛尔和弟弟被迫送往慕尼黑远郊的寄养家庭。6岁的弟弟不幸死在了路途中。在冷清的葬礼后，莉赛尔意外得到她的第一本书《掘墓人手册》。这将是14本给她带来无限安慰的书之一。她是个孤苦的孩子，父亲被打上了共产主义者的烙印，被纳粹带走了；母亲随后也失踪了。在弹奏手风琴的养父的帮助下，她学会了阅读。尽管生活艰苦，她却发现了一个比食物更难以抗拒的东西——书。她忍不住开始偷书。莉赛尔，这个被死神称为“偷书贼”的可怜女孩，在战乱的德国努力地生存着，并不可思议地帮助了周围同样承受苦难的人。

1956年，两位高中生提奥和库特在去西柏林看电影的路上见到了匈牙利十月起义的新闻报道。为了对起义的死者表示悼念，他们和同班同学们决定，一起在课堂上无视老师，突发沉默一分钟。然而这短短的一分钟彻底改变了班上同学的命运，许多人从此被东德安全局视为眼中钉，加以监视和迫害。在班级被强行解散后，他们却决心在西德重新结集，不过是以作为逃亡者的新身份。

在第三季也是最终季中，《暗黑》突破时空的概念，得出了令人意外的结局。来到新世界后，乔纳斯试图弄明白这一个温登小镇对于他自己的命运有何意义，而留在另一个世界的人们试图打破扭曲时空的循环。两个世界，光明与黑暗。中间穿插着史诗般的悲情故事。