在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

丹尼•达可（杰克•盖伦霍尔饰）患有精神疾病，某天晚上他受到莫名的召唤，梦游，也因此逃避了一架飞机坠落在他房间天花板上，这样匪夷所思的事故。自此以后，他的生活就发生了变化，频频出现幻觉，他时常看见一个兔人弗兰克，后者告诉他世界将在28天6小时48分12秒以后毁灭；他得到了一本书，《时空旅行奥义书》，对书中提到的时空旅行、离线宇宙产生了强烈的好奇。随着世界末日的临近，杰克的生活越来约诡异，他新认识的女朋友和家人也被卷了进去。看来，杰克想实现拯救世界的愿望，需要付出更多的代价。